根据血栓闭塞性脉管炎的病史特点，诊断中应与下列疾病进行鉴别。
1.动脉硬化闭塞症本病多见于50岁以上的老年人，往往同时伴有高血压、高血脂及其他动脉硬化性心脑血管病史(冠心病、脑梗死等)，病变主要累及大、中动脉，如腹主动脉、髂动脉、股动脉等，X线检查可见动脉壁的不规则钙化，血管造影显示有动脉狭窄、闭塞，伴扭曲，成角或虫蚀样改变。
2.急性动脉栓塞起病突然，既往常有风湿性心脏病伴房颤史，在短期内可出现远端肢体苍白、疼痛、无脉、麻木、麻痹。血管造影可显示动脉连续性的突然中断，而未受累的动脉则光滑、平整，同时，心脏超声还可以明确近端栓子的来源。
3.多发性大动脉炎多见于青年女性，主要累及主动脉及其分支动脉，包括颈动脉、锁骨下动脉、肾动脉等，表现为动脉的狭窄或闭塞，并产生相应的缺血症状。同时在活动期可有红细胞沉降率增快，并有其他风湿指标异常。
4.糖尿病性坏疽应与血栓闭塞性脉管炎晚期出现肢端溃疡或坏疽进行鉴别，糖尿病者往往有相关病史，血糖、尿糖升高，而且多为湿性坏疽。
5.雷诺症多见于青年女性，主要表现为双上肢手指阵发性苍白、发紫和潮红，发作间期皮色正常。患肢远端动脉搏动正常，且鲜有坏疽发生。
6.自身免疫病首先是与CREST综合症及硬皮病象鉴别，这2种疾病均可引起末梢血管病变，但同时有皮肤的病理改变，血清中Scl-70及抗着丝点抗体呈阳性，结合指(趾)甲黏膜的微循环变化，可予以鉴别。其次是与SLE，类风湿关节炎及其他全身性风湿系统疾病引起的血管炎相鉴别，主要通过病史采集、一些特征性实验室检查及组织活检来鉴别。
7.结节性动脉周围炎本病主要侵犯中、小动脉，肢体可出现类似血栓闭塞性脉管炎的缺血症状。其特点是：病变广泛、常累及肾、心等内脏，皮下有循动脉排列的结节，常有乏力和发热红细胞沉降率增快。血液检查呈高球蛋白血症(α和α2)。确诊需做活组织检查。
8.特发性动脉血栓形成甚少见，多并发于其他疾病，如全身性红斑狼疮，结节性动脉周围炎，类风湿性关节炎等结缔组织性疾病或红细胞增多症等。也可发生在手术或动脉损伤后。发病较易引起广泛性坏死。
9.其他非血管性疾病如冻伤、平底足、痛风、神经营养性溃疡，坐骨神经痛、关节炎、末梢神经炎等也应注意鉴别。
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